多くのキリスト教の学校では、「宗教」や「聖書」といった教科名をあてていますが、本校では創立以来「倫理」という教科名で授業を行っています。そこには、キリスト教を学び深めるだけでなく、世界の様々な宗教、思想、哲学に触れ、生徒一人ひとりの視野を広げてほしいという思いがあります。また同時に、変化する社会の中で「どのように生きるか」を考える授業であることから、「倫理」という教科名を冠しています。
本校の倫理の授業では、私たち一人ひとりがかけがえのない大切な存在であることに気付き、 互いに大切にし合うよう、心の成長と良心の成熟を目指します。キリスト教を中心に諸宗教、諸思想を学ぶことを通して、真理を探究し、人生の道しるべを見いだすとともに、多様性に開かれた広い視野と、多角的な視点をもとに論理的に思考する力を養います。さらに学んだこと、自ら考えたことを他者と分かち合い、伝える力を伸ばしていきます。倫理科では、生徒たちが四つの心、「祈る心」、「自己を見つめる心」、「他者を大切にする心」、「世界の人々とつながる心」を育みながら、愛と正義に基づく平和な社会の実現に貢献できる女性として巣立っていくよう願っています。

英語の授業は毎時間が小さな“異文化体験”です。教科書や副教材で基本的な力をつけながら、学んだ英語を実際に使う機会を大切にしています。また、英語の歌や動画を視聴するなどの、視聴覚教材を活用した活動を積極的に取り入れ、五感を使って英語を学べるようにしています。全学年で行っている習熟度別授業では、発話・発表の機会が多くあります。相手の発表や意見を聴き、英語で自己表現ができる生徒を育てます。中学生は年度末に、授業で発表した優秀なスピーチ、スキットなどを学年全体に発表し、共有する機会を設けています。また、Chromebookを使って、個人の学習の進度に合わせたオンライン英会話や多読プログラムを実施するなど、生徒が活発に学ぶ場となるように工夫しています。中1から高1は英語4技能を測る検定（GTEC）を毎年受け、継続的に英語力を測るとともに、自身の成長を実感する機会としています。
なお、清泉女学院はスペインにルーツがある学校であることから、高2の選択授業でスペイン語を履修することができます。よって、本校では「英語科」ではなく「外国語科」という名称を冠しています。

『方丈記』の冒頭に「ゆく河の流れは絶えずして、またもとの水にあらず」とあります。すなわち、私たちが生きる社会は絶えず変化をしています。しかし、どんな時代においても、どんな国においても、他の人とのコミュニケーションは不可欠です。人と人とのコミュニケーションは「聞く・話す・読む・書く」のすべてが言葉を通して行われています。そして、私たちの言葉には、それを用いてきた我々の先人たちの喜び、悲しみ、痛みなどの情感や感動が集積されています。その先人たちが築き上げてきた伝統的な文化を理解・継承し、新しい文化を創造・発展させるためにも、国語の力は重要です。
国語は、様々な学問の基盤であり、自然科学の分野においても、その重要性は全く変わるものではありません。本校の国語の授業は、様々な学びを通し、国語の力を伸ばしていきます。例えば中1から古典文法を履修し、一人で古典を読む力を養います。また昨今求められる物事や情報を多角度から検討し、論理的・客観的に理解する力、そして自分の考えを表現する力を育成します。

中学の数学では、数の世界の広がりを理解し、数の概念を育てていきます。数学の土台である正確な計算力と、関数や図形などの基礎的な知識や考察する力をつけるため、こまめに計算・確認テストを行い、長期休み後もテストを行っています。また、学び合いの中で、自分の考え方を伝える力と人の考え方を理解する力を育てます。中1の2学期から習熟度別授業を行い、さらに中2から2クラス3分割でクラスごとに意欲的に学習に取り組めるようにし、論理的思考力を育てます。高2からは進路に合わせたクラス編成となります。日々の学びを通して培われる「あきらめずに最後までやり遂げる力」は「問題を乗り越える楽しさ・喜び」につながります。そして、「課題を解決する力」は「自ら道を切り拓き、未来を設計する力」につながります。数学を学ぶことによって得たそれらの力を積極的に取り入れ、「将来の主体的な生き方」につなげていくことを目指します。

本校の社会科が育てる生徒像は、日本や世界に対する見識と他者受容・異文化理解の心を持ち、健全な批判力を身につけ、一人の主権者としていかに社会と関わり貢献するかを考える人物です。そのために、中学では基礎知識の徹底に加え、図表から正確に情報を読み取る力、多角的な視点で物事を捉える力、考察したことを正確に表現する力を身につけます。高校では社会で起きていることへの正しい知識と教養を持ち、グローバル社会で関わる様々な人のアイデンティティを尊重できるようになることを目指します。具体的に、社会科では6年間を通して「本物に触れる」「正しく理解し、考える」「発信する」機会を多く設けています。例えば、中1からChromebookを活用し、グラフや図を自らの手で作成することで読図力を養ったり、スライドを利用した発表活動がさかんに行われたりしています。また、玉縄城跡という本校の立地を生かしたフィールドワークや、現役の国会議員から直接話を聞く機会もあります。授業はグループワークも多く、コミュニケーション力や判断力、リーダーシップなど、社会科の枠を超えた幅広い能力を伸ばします。

本校の理科は、本物を見たり触れたりして確かめながら学ぶことを大切にし、特に中学生では、実験や観察を多く取り入れた授業を展開しています。実験・観察後には、検証・考察・まとめを行い、レポートを作成することを通して、科学的思考力・表現力を身につけることを目標にしています。例えば中1では、本校の豊かな自然環境を活かし、校内に生育しているサクラ、タンポポ、シダ、コケなどの実物の観察を通じて、生物を見る目を養います。また、校内のタンポポの種類とその数、生育環境との関係を調査し考察をすることで、科学的な探究の方法を学びます。その他の中学生の実験でも、高校で学ぶ内容を取り入れながら考察していくことで、物事の本質を科学的な視点でとらえる力を養っています。高校ではより専門的に学習を進めていきます。高1では全員が物理基礎、化学基礎、生物基礎を学び、高2からはそれぞれの進路に合わせた科目を選択していきます。

何よりも、音楽を楽しめるように導きます。同時に「良い音色」を意識しながら、的確な音楽表現のために基礎訓練を行い、質の高い音楽を目指していきます。中1で「ハレルヤコーラス」、中2・3で『三つの聖歌』「信仰」「希望」「愛」に取り組みます。器楽ではアルトリコーダーやミュージックベルなどのほか、和楽器（箏・三味線）を一人ひとり実際に触れ演奏する授業もあります。

中1・2では、絵画・彫刻・デザイン等の基本的な表現力を培います。中3・高1ではより高度な技術力と表現力を身につけます。例えば中3では、内容・材料などすべてオリジナルの絵本を作ります。高１では、美術史の学びから模写、透視図法の学びから平面構成を制作します。高2・3では芸大・美大を目指す生徒に向け、デッサンを中心に、受験に対応する力や将来の創作活動につながる姿勢も育んでいます。

中1・2では体つくり運動、陸上競技、体操、球技、ダンス、武道と幅広く様々な種目を行い、基本技能を学びます。中3・高1では、基本技能の向上を目指し、高2・3では、ゲームを楽しめるよう生徒自ら練習計画をたて、技術のレベルアップを図ります。ダンスではChromebookを使って客観的に演技を見ることで改善したり、サッカーや空手など様々な競技を経験したりと多彩な方法で運動に親しみます。保健の授業では、心身に科学的にアプローチし、生涯健康でいるための知識を学びます。

生活は総合的なものなので、家族・経済や消費生活・高齢化・衣食住・環境問題など、多くの視点から考え学び、学問分野の知識を基盤に、生活に生かしていくことを目指します。将来、生活の主体者になったときの生活の仕方を考え、実践することを視野に入れて学びます。家庭分野では、調理実習や着付け、技術分野では木材加工、エネルギー変換、情報に関することなど、実践を通じて学びを深める課題内容となっています。

現代社会は情報機器に溢れています。ICT機器を使いこなし、課題を見つけ、自らの考えや思いを上手に伝えていくコミュニケーション能力は、これからを生きていく生徒たちにとって必要不可欠な力です。授業では、実習を通してデジタル理論の理解を深めると共に、問題解決力を向上させます。また、他教科との連携をとりやすい教科の特性を活かし、教科横断型授業の展開を目指しています。